結構基因(英語:structural gene)是指基因編碼的產物為調節因子(調控基因)以外的蛋白質的基因,可以用於編碼結構蛋白、或不涉及調控的非編碼RNA

這些基因對細胞的形態和功能特徵非常重要。在真核生物中,這些基因是以片段化的形式存在,即分為外顯子內含子。但在原核生物中,這些基因是連續的,甚至幾個功能相關的基因與調控基因組成一個操縱組來共同轉錄。

如在乳糖操縱組中,結構基因編碼的就是與乳糖代謝有關的酶,這三個結構基因是: