结构基因(英语:structural gene)是指基因编码的产物为调节因子(调控基因)以外的蛋白质的基因,可以用于编码结构蛋白、或不涉及调控的非编码RNA

这些基因对细胞的形态和功能特征非常重要。在真核生物中,这些基因是以片段化的形式存在,即分为外显子内含子。但在原核生物中,这些基因是连续的,甚至几个功能相关的基因与调控基因组成一个操纵组来共同转录。

如在乳糖操纵组中,结构基因编码的就是与乳糖代谢有关的酶,这三个结构基因是: