UniProt

蛋白質序列和功能信息數據庫



UniProt(聯合的蛋白)是一個全面的,高品質的,免費使用的蛋白質序列與功能資訊資料庫,許多內容來自基因組計劃,它還包含了大量來自研究文獻的關於蛋白的生物學功能資訊。

聯合的蛋白
內容
有機體所有
相關資訊
研究中心英國EMBL-EBI、瑞士SIB英語Swiss Institute of Bioinformatics、美國PIR英語Protein Information Resource
訪問入口
資料格式Custom flat file, FASTA英語FASTA, GFF英語GFF, RDF, XML.
網站www.uniprot.org
下載位址www.uniprot.org/downloads&用於下載完整的數據集ftp.uniprot.org
網路服務位址是 – JAVA應用程式介面在這裡看到資訊&表現層狀態轉換在這裡看到資訊
工具
Web高級搜尋,BLASTClustalO,批次檢索/下載,ID對映
其他
許可創作共享署名-禁止改作
版本
數據發佈頻率4周一次
管理政策是 – 手動和自動。 資料庫監護人和計算演算法生成的自動註釋規則。
可否列為書籤是 – 個別蛋白質條目和搜尋

UniProt共同體

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UniProt共同體由歐洲生物資訊研究所, 瑞士生物資訊研究所英語Swiss Institute of Bioinformatics,以及美國Protein Information Resource英語Protein Information Resource組成。歐洲生物資訊研究所坐落於英國茵格斯頓英語HinxtonWellcome Trust Genome Campus英語Wellcome Trust Genome Campus,擁有大量的生物資訊學資料庫及服務資源。瑞士生物資訊研究所位於瑞士的日內瓦,維持專家蛋白質分析系統英語ExPASy(Expert Protein Analysis System,一個蛋白質組學工具和資料庫資源中心)伺服器的運作。2002年,EBI,SIB和PIR聯合成為UniProt共同體[1]

UniProt資料庫的根源

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每個共同體成員都積極參與蛋白質資料庫維護和注釋。 直到最近,EBI和SIB一起生產了Swiss-Prot和TrEMBL資料庫,而PIR生產了蛋白質序列資料庫(PIR-PSD)[2][3][4]。 這些資料庫與不同的蛋白質序列覆蓋和注釋優先級共存。

參考文獻

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  1. ^ 2002 Release: NHGRI Funds Global Protein Database. National Human Genome Research Institute (NHGRI). [14 April 2018]. (原始內容存檔於2015-09-24). 
  2. ^ O'Donovan, C.; Martin, M. J.; Gattiker, A.; Gasteiger, E.; Bairoch, A.; Apweiler, R. High-quality protein knowledge resource: SWISS-PROT and TrEMBL. Briefings in Bioinformatics. 2002, 3 (3): 275–284. PMID 12230036. doi:10.1093/bib/3.3.275. 
  3. ^ Wu, C. H.; Yeh, L. S.; Huang, H.; Arminski, L.; Castro-Alvear, J.; Chen, Y.; Hu, Z.; Kourtesis, P.; Ledley, R. S.; Suzek, B. E.; Vinayaka, C. R.; Zhang, J.; Barker, W. C. The Protein Information Resource. Nucleic Acids Research. 2003, 31 (1): 345–347. PMC 165487 . PMID 12520019. doi:10.1093/nar/gkg040. 
  4. ^ Boeckmann, B.; Bairoch, A.; Apweiler, R.; Blatter, M. C.; Estreicher, A.; Gasteiger, E.; Martin, M. J.; Michoud, K.; O'Donovan, C.; Phan, I.; Pilbout, S.; Schneider, M. The SWISS-PROT protein knowledgebase and its supplement TrEMBL in 2003. Nucleic Acids Research. 2003, 31 (1): 365–370. PMC 165542 . PMID 12520024. doi:10.1093/nar/gkg095. 

外部連結

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