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人類蛋白質體計劃

人類蛋白質體計劃（Human proteome project，縮寫：HPP）[1]是由人類蛋白質體組織（HUPO）[2]協調的合作計劃，目標是通過實驗觀察所有從人類基因組轉譯序列產生的蛋白質。

人類蛋白質體計劃
HUMAN PROTEOME PROJECT
內容
有機體智人
相關資訊
研究中心人類蛋白質體組織（HUPO）
實驗室多個
訪問入口
網站www.thehpp.org
www.c-hpp.org
網絡服務地址NextProt REST
GPMDB REST
工具
其他

歷史 編輯

人類蛋白質體組織已成為許多長期運行的蛋白質體學研究項目的協調機構，這些研究項目與臨床興趣的特定人體組織有關，如血漿[3]，肝[4]，腦[5]，和尿[6]。它還負責與蛋白質大規模研究相關的具體技術[7]和標準[8]。

在科學文獻中，將平行於人類基因組計劃的一個更大項目的結構和目標被辯論[9][10][11][12][13]。經過2009年、2010年和2011年世界大會和一系列會議，人類蛋白質體組織將人類蛋白質體計劃分為兩個子項目C-HPP和B/D-HPP進行[14]。其中C-HPP將分成25工作組，每個人類染色體1個工作組。而B/D-HPP將按照蛋白質的生物學和疾病相關性進行分組[15]。

項目和工作組 編輯

當前設定的工作組列舉如下（取自www.c-hpp.org （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）），按照染色體順序排序。

染色體 組長 所屬機構國家或地區
1 Fuchu He 中國
2 Lydie Lane 瑞士
3 Toshihide Nishimura 日本
4 Yu Ju Chen 台灣
5 Rainer Bischoff 荷蘭
6 Paul Keown 加拿大
7 Mark Baker 澳大利亞、紐西蘭
8 Pengyuan Yang 中國
9 Je-Yoel Cho 韓國，漢城
10 Joshua Labaer 美國
11 Jong Shin Yoo 韓國
12 Visith Thongboonkerd 印度、新加坡、台灣、泰國
13 Young Ki Paik 韓國
14 Jérôme Garin 法國
15 Gilberto B Domont 巴西
16 Fernando Corrales 西班牙
17 Bill Hancock 美國
18 Alex Archakov 俄國
19 Gyorgy Marko Varga 瑞典
20 Siqiu Liu 中國
21 Daniel Figeys 加拿大
22 Charles Lee 美國
X Tadashi Yamamoto 日本
Y Hosseini Salekdeh 伊朗
MT Andrea Urbani 義大利

計算資源 編輯

由Eric Deutsch領導的、美國西雅圖系統生物研究所（PeptideAtlas（英語：PeptideAtlas））的小組正在提供基於MS/MS的蛋白質體學結果的資料簡化、分析和驗證。與抗體方法相關的資料處理由在瑞典斯德哥爾摩的Kalle von Feilitzen（Human Protein Atlas）進行協調。在瑞士日內瓦SIB的Lydie Lane負責整體整合和報告資訊（NeXtProt（英語：NeXtProt））。生成的所有資料都存入ProteomeXchange（英語：ProteomeXchange）資料庫，作為HPP貢獻的一部分。

現狀 編輯

正在進行的按照染色體為基礎的人類蛋白質體計劃是《蛋白質體研究雜誌》（Journal of Proteome Research）特刊（2014年1月3日，第13卷，第1期）的主題。整個項目的狀態是在該期上的社論討論[16]。

一個單獨的CHPP-維基 （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）已經被該項目的生物資訊學組建立維護當前項目的資訊，包括會議、活動、標準操作程式和其他特殊資源的個體染色體團隊。

與蛋白質觀察相關的置信水平的指標是本項目的關鍵組成部分。如何定義對所使用的各種實驗協議有意義的指標是正在進行的辯論的主題：目前的共識度量已經被發布[17]。

描述項目最新狀況的雜誌文章，並宣布推出「Missing ProteinPedia」可以在這裡被發現[18][19]。

參閱 編輯

參考資料 編輯

  1. ^ Legrain, P. et al. The human proteome project: Current state and future direction. Mol Cell Proteomics. 10:M111.009993 (2011).
  2. ^ HUPO (Human Proteome Organization) 1st World Congress. Mol Cell Proteomics. 9:651-752 (2002).
  3. ^ Omenn, G.S. et al. Overview of the HUPO Plasma Proteome Project. Proteomics. 5, 3226-45 (2005).
  4. ^ He, F. Human liver proteome project: plan, progress, and perspectives. Mol Cell Proteomics. 4, 1841-8 (2005).
  5. ^ Hamacher, M. et al. HUPO Brain Proteome Project: toward a code of conduct. Mol Cell Proteomics. 7, 457 (2008).
  6. ^ Yamamoto, T., Langham, R.G., Ronco, P., Knepper, M.A. & Thongboonkerd, V. Towards standard protocols and guidelines for urine proteomics. Proteomics. 8, 2156-9 (2008).
  7. ^ Uhlen, M. & Ponten, F. Antibody-based proteomics for human tissue profiling. Mol Cell Proteomics. 4, 384-93 (2005).
  8. ^ Orchard, S. et al. Current status of proteomic standards development. Expert Rev Proteomics. 1, 179-83 (2005).
  9. ^ Archakov A, et al. The Moscow HUPO Human Proteome Project workshop. Mol Cell Proteomics. 8:2199-200 (2009).
  10. ^ Baker MS. Building the 'practical' human proteome project - the next big thing in basic and clinical proteomics. Curr Opin Mol Ther. 2009 11:600-2 (2009).
  11. ^ Editorial, The call of the human proteome. Nat Methods. 7:661 (2010).
  12. ^ Rabilloud T., et al. Is a gene-centric human proteome project the best way for proteomics to serve biology? Proteomics. 10:3067-72 (2010).
  13. ^ Editorial. A Gene-centric Human Proteome Project. Mol Cell Proteomics. 9:427-429 (2010).
  14. ^ Paik, Y-K., et al. A Chromosome-Centric Human Proteome Project to Characterize the Sets of Proteins Encoded in the Genome. Nature Biotech.30: 221–3(2012).
  15. ^ Aebersold R., et al. The Biology/Disease-driven Human Proteome Project (B/D-HPP): Enabling Protein Research for the Life Sciences Community. J. Proteome Res. 12:23–27 (2013).
  16. ^ Paik Y-K., et al. Genome-wide Proteomics, Chromosome-centric Human Proteome Project (C-HPP), Part II. J. Proteome Res. 13:1–4 (2014).
  17. ^ Omenn GS., et al. Metrics for the Human Proteome Project 2015: Progress on the Human Proteome and Guidelines for High-Confidence Protein Identification. J Proteome Res. 14:3452-60 (2015).
  18. ^ Horvatovich P., et al. A Quest for Missing Proteins: update 2015 on Chromosome-Centric Human Proteome Project. J Proteome Res. Jun 15 (2015).
  19. ^ Baker, MS; et al. Accelerating the search for the missing proteins in the human proteome. Nature Communications. 2017, 8. doi:10.1038/ncomms14271. 

外部連結 編輯

  1. （英文）HPP project page (www.hupo.org) （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）
  2. （英文）HPP web site (www.thehpp.org) （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）
  3. （英文）Chromosome-centric HPP web site (www.c-hpp.org) （頁面存檔備份，存於網際網路檔案館）
  4. （英文）BD HPP web site (www.thehpp.org/BD-HPP.php)
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