1898/99球季英格兰足总杯（英语：FA Cup），是第28届英格兰足总杯，今届赛事的冠军是锡菲联，他们在决赛以4:1击败打比郡，夺得冠军。本届赛事继续在水晶宫国家体育中心举行。
锡菲联首次夺得冠军，打比郡继去届夺亚后再次饮恨。
