三重秘传是指所领悟的最高教导——一念三千法门,不在尔前经而在《法华经》。《法华经》之中亦不在迹门而在本门,而且在本门中亦不在文上,而秘沉在寿量品的文底之中。

:此名相非真实佛经所出,乃日本人所创设的教派的论著,虽用《法华经》名相,但所言皆自创。

三重是指五重相对中的权实相对本迹相对种脱相对。所以,秘沉于法华经寿量品文底的事之一念三千的南无妙法莲华经,是末法众生成佛的法。而三重秘传这名称是由日宽上人创立的。其出处是依《开目抄》中:“一念三千的法门只秘沉于《法华经》本门〈寿量品〉的文底。龙树、天亲虽然知道,并未有加以揭示,只有我天台智者识存于心。”(日文御书全集一八九页)日宽上人指出该文中“只秘沉于《法华经》”是权实相对、“本门、寿量品”是本迹相对,“文底秘沉”是种脱相对。

首先就从权实相对来看一念三千的法门。在《法华经》以前的诸经虽有十界的名字,但各界是独自存在,互不相关,佛界和其他九界是完全分离的。由于并非十界互具,所以未有说出一念三千。相反,在《法华经》前半的十四品门中,说明了十界互具的意义。而且,在《法华经》方便品第二中说出十如是,再加上十界互具而明示出百界千如。到此一切众生能成佛的事,在理论上大致已经说明出来,所以《法华经》迹门的法门称为“迹门理之一念三千”。然而,在《法华经》迹门中虽然说百界千如,那只不过是说出一切众生能够成佛的可能性,但事实上并没有说出佛的境界。来到《法华经》本门寿量品才初次说出佛生命的长远和佛常住的国土,说出久远常住的佛的真实姿态。而且,在寿量品中说出娑婆世界才是佛常住的国土,因此而令三世间齐备,加上门的百界千如而初次完成一念三千的法门。因此,通过佛的具体姿势来说出一切众生的成佛,《法华经》本门所说的一念三千法门是“本门事之一念三千”。

然而,释尊所说的《法华经》本门,是令在久远往昔接受过释尊下种的众生得脱,产生利益,所以是脱益的佛法。对于那些没有接受过下种,与释尊无缘的末法众生却没有利益。在末法,需要具备下种利益,同时又能够即时使其得脱的下种益的佛法。末法的下种益佛法是秘沉于本门寿量品文底,日莲大圣人将之显现为三大秘法的南无妙法莲华经。这寿量品文底的南无妙法莲华经称为“文底独一本门事之一念三千”,其当体就是本门戒坛的大御本尊。面对“文底独一本门事之一念三千”的南无妙法莲华经,《法华经》的“迹门理之一念三千”和“本门事之一念三千”不外是说明南无妙法莲华经的理,所以同样可以名之为“理之一念三千”。