約翰內斯·穆勒·阿古菲恩斯（德語：Johannes Müller Argoviensis，1828年5月9日—1896年1月28日），19世紀瑞士植物學家。
穆勒出生於瑞士阿爾高州的托伊芬塔爾鎮，原名約翰內斯·穆勒，他曾經是德堪多的《植物界自然系統概論》和卡爾·馮·馬齊烏斯的《巴西植物》中關於木犀草科、夾竹桃科和大戟科各章的專題作者，他對地衣也非常有研究。
穆勒在日內瓦逝世。
