三重秘傳是指所領悟的最高教導——一念三千法門,不在爾前經而在《法華經》。《法華經》之中亦不在迹門而在本門,而且在本門中亦不在文上,而秘沉在壽量品的文底之中。

:此名相非真實佛經所出,乃日本人所創設的教派的論著,雖用《法華經》名相,但所言皆自創。

三重是指五重相對中的權實相對本迹相對種脫相對。所以,秘沉於法華經壽量品文底的事之一念三千的南無妙法蓮華經,是末法眾生成佛的法。而三重秘傳這名稱是由日寬上人創立的。其出處是依《開目抄》中:「一念三千的法門只秘沉於《法華經》本門〈壽量品〉的文底。龍樹、天親雖然知道,並未有加以揭示,只有我天台智者識存於心。」(日文御書全集一八九頁)日寬上人指出該文中「只秘沉於《法華經》」是權實相對、「本門、壽量品」是本迹相對,「文底秘沉」是種脫相對。

首先就從權實相對來看一念三千的法門。在《法華經》以前的諸經雖有十界的名字,但各界是獨自存在,互不相關,佛界和其他九界是完全分離的。由於並非十界互具,所以未有說出一念三千。相反,在《法華經》前半的十四品門中,說明了十界互具的意義。而且,在《法華經》方便品第二中說出十如是,再加上十界互具而明示出百界千如。到此一切眾生能成佛的事,在理論上大致已經說明出來,所以《法華經》迹門的法門稱為「迹門理之一念三千」。然而,在《法華經》迹門中雖然說百界千如,那只不過是說出一切眾生能夠成佛的可能性,但事實上並沒有說出佛的境界。來到《法華經》本門壽量品才初次說出佛生命的長遠和佛常住的國土,說出久遠常住的佛的真實姿態。而且,在壽量品中說出娑婆世界才是佛常住的國土,因此而令三世間齊備,加上門的百界千如而初次完成一念三千的法門。因此,通過佛的具體姿勢來說出一切眾生的成佛,《法華經》本門所說的一念三千法門是「本門事之一念三千」。

然而,釋尊所說的《法華經》本門,是令在久遠往昔接受過釋尊下種的眾生得脫,產生利益,所以是脫益的佛法。對於那些沒有接受過下種,與釋尊無緣的末法眾生卻沒有利益。在末法,需要具備下種利益,同時又能夠即時使其得脫的下種益的佛法。末法的下種益佛法是秘沉於本門壽量品文底,日蓮大聖人將之顯現為三大秘法的南無妙法蓮華經。這壽量品文底的南無妙法蓮華經稱為「文底獨一本門事之一念三千」,其當體就是本門戒壇的大御本尊。面對「文底獨一本門事之一念三千」的南無妙法蓮華經,《法華經》的「迹門理之一念三千」和「本門事之一念三千」不外是說明南無妙法蓮華經的理,所以同樣可以名之為「理之一念三千」。