非等位基因(Nonallelic gene)是出现在基因组不同位置上的同一基因的两份(或多份)拷贝。(等位基因则是出现在同源染色体的相同位置上、来自不同亲本的同一基因的拷贝。)例如,红花基因C和高茎基因D。

非等位基因可分为:异位显性基因、互补基因、累加基因、背景基因型、微效多基因、抑制基因、调节基因、修饰基因、调节基因等。