酰胺基磷酸核糖基转移酶

酰胺基磷酸核糖基转移酶(英语:amidophosphoribosyltransferase,简写:ATase),也称为谷氨酰胺磷酸核糖基焦磷酸酰胺基转移酶 (英语:glutamine phosphoribosylpyrophosphate amidotransferase,简写:GPAT),是一种利用来自谷氨酰胺侧链的胺基团催化5-磷酸核糖-1-焦磷酸(PRPP)转化为5-磷酸核糖-1-胺(PRA)的酶。这是从头合成嘌呤的关键步骤。在人类中,它由 PPAT(磷酸核糖焦磷酸氨基转移酶)基因编码。[6][7]ATase是嘌呤/嘧啶磷酸核糖基转移酶(PRTase)家族的成员。

PPAT
識別號
别名PPAT;, ATASE, GPAT, PRAT, phosphoribosyl pyrophosphate amidotransferase, Amidophosphoribosyltransferase
外部IDOMIM172450 MGI2387203 HomoloGene68272 GeneCardsPPAT
為以下藥物的標靶
硫唑嘌呤、​mercaptopurine hydrate[1]
基因位置(人类
4號染色體
染色体4號染色體[2]
4號染色體
PPAT的基因位置
PPAT的基因位置
基因座4q12起始56,393,362 bp[2]
终止56,435,615 bp[2]
直系同源
物種人類小鼠
Entrez
Ensembl
UniProt
mRNA​序列

NM_002703

NM_172146

蛋白序列

NP_002694

NP_742158

基因位置​(UCSC)Chr 4: 56.39 – 56.44 MbChr 5: 77.06 – 77.1 Mb
PubMed​查找[4][5]
維基數據
檢視/編輯人類檢視/編輯小鼠

结构核功能

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酰胺基磷酸核糖基转移酶
识别码
EC編號 2.4.2.14
CAS号 9031-82-7
数据库
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MetaCyc英语MetaCyc 代谢路径
PRIAM英语PRIAM_enzyme-specific_profiles 概述
PDB RCSB PDB PDBj PDBe PDBsum
基因本体 AmiGO / EGO

该酶由两个结构域组成:通过水解从谷氨酰胺产生氨的谷氨酰胺酶结构域和将氨与核糖-5-磷酸结合的磷酸核糖基转移酶结构域。[8]酶的两个活性位点之间的协调使其具有特殊的复杂性。

谷氨酰胺酶结构域与其他N端亲核体 (Ntn) 水解酶氨甲酰磷酸合成酶 (CPSase) 同源。所有Ntn酰胺基转移酶序列中的九个不变残基在关键的催化、底物结合或结构发挥作用。末端半胱氨酸残基在反应的第一部分充当亲核试剂,类似于催化三联体的半胱氨酸。[8][9]游离的N末端充当碱基以激活亲核试剂并使水解反应中的离去基团(在这种情况下为氨)质子化。催化位点的另一个关键方面是催化反应中间体的氧阴离子空穴,如下面的机制所示。[10]

PRTase结构域与参与嘌呤核苷酸合成和补救途径的许多其他PRTase同源。所有PRTase都涉及通过各种亲核体置换PRPP中的焦磷酸盐。[11] ATase是唯一具有氨作为亲核体的PRTase。[8]PRPP中的焦磷酸盐是一个极好的离去基团,因此几乎不需要化学助剂来促进催化。相反,酶的主要功能似乎是将反应物适当地聚集在一起并防止错误的反应,例如水解。[8]

除了具有各自的催化能力外,这两个结构域还相互协调,以确保由谷氨酰胺产生的所有氨都转移到PRPP,并且除氨外没有其他亲核体攻击PRPP。这主要通过阻止氨的形成直到PRPP结合并将氨引导至PRTase活性位点来实现。[8]

PRPP对酶的初始​​激活是​​由“谷氨酰胺环”中的构象变化引起的,该环重新定位以能够接受谷氨酰胺。这导致谷氨酰胺结合的Km值高出200倍。[12]一旦谷氨酰胺与活性位点结合,进一步的构象变化会将位点带入酶,使其无法进入。[8]

这些构象变化还导致20Å长的氨通道的形成,这是这种酶最显着的特征之一。该通道没有任何氢键位点,以确保氨从一个活性位点轻松扩散到另一个活性位点。该通道确保从谷氨酰胺释放的氨到达PRTase催化位点,并且它与CPSase中的通道不同,[13]它是疏水的而不是极性的,是暂时的而不是永久的。[8]

反应机制

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ATase催化机制的前半部分发生在谷氨酰胺酶结构域活性位点。催化半胱氨酸对底物进行亲核攻击以形成酰基酶中间体,该中间体通过水解分解。第三步产生氨,用于机制的后半部分。
ATase催化机制的后半部分发生在磷酸核糖基转移酶结构域活性位点。在反应的前半部分释放的氨取代了PRPP中的焦磷酸盐,产生了磷酸核糖基胺。一个酪氨酸残基稳定了过渡态并允许反应发生。

ATase催化的总反应如下:

PRPP + 谷氨酰胺PRA + 谷氨酸 + PPi

在酶内,反应被分解成两个半反应,发生在不同的活性位点

  1. 谷氨酰胺NH
    3
    + 谷氨酸
  2. PRPP + NH
    3
    PRA + PPi

该机制的第一部分发生在谷氨酰胺酶结构域的活性位点,并通过水解从谷氨酰胺中释放出一个氨基团。第一个反应释放的氨然后通过20Å通道转移到磷酸核糖基转移酶结构域的活性位点,然后与PRPP结合形成PRA。

调节

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反馈抑制的一个例子中,ATase主要受到嘌呤合成途径的终产物AMPGMPADPGDP的抑制。[8]来自同型四聚体的每个酶亚基具有这些抑制剂的两个结合位点。别构(A)位点与PRPP的核糖-5-磷酸位点重叠,而催化(C)位点与PRPP的焦磷酸位点重叠。[8]特定核苷酸对与两个位点的配对导致协同抑制比加性抑制更强。[8][14][15]抑制通过酶的结构变化发生,其中柔性谷氨酰胺环被锁定在开放位置,从而阻止PRPP的结合。[8]

由于PRA的化学不稳定性,其在pH7.5和37°C下的半衰期为38秒,研究人员提出该化合物是在体内从酰胺基磷酸核糖基转移酶引导至GAR合成酶。[16]

图集

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参考文献

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  1. ^ 對酰胺基磷酸核糖基转移酶起作用的藥物;在維基數據上查看/編輯參考. 
  2. ^ 2.0 2.1 2.2 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000128059 - Ensembl, May 2017
  3. ^ 3.0 3.1 3.2 GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000029246 - Ensembl, May 2017
  4. ^ Human PubMed Reference:. National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine. 
  5. ^ Mouse PubMed Reference:. National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine. 
  6. ^ Entrez Gene: phosphoribosyl pyrophosphate amidotransferase. 
  7. ^ Brayton KA, Chen Z, Zhou G, Nagy PL, Gavalas A, Trent JM, Deaven LL, Dixon JE, Zalkin H. Two genes for de novo purine nucleotide synthesis on human chromosome 4 are closely linked and divergently transcribed. The Journal of Biological Chemistry. Feb 1994, 269 (7): 5313–21. PMID 8106516. doi:10.1016/S0021-9258(17)37689-5 . 
  8. ^ 8.00 8.01 8.02 8.03 8.04 8.05 8.06 8.07 8.08 8.09 8.10 Smith JL. Glutamine PRPP amidotransferase: snapshots of an enzyme in action. Current Opinion in Structural Biology. Dec 1998, 8 (6): 686–94. PMID 9914248. doi:10.1016/s0959-440x(98)80087-0. 
  9. ^ Smith JL, Zaluzec EJ, Wery JP, Niu L, Switzer RL, Zalkin H, Satow Y. Structure of the allosteric regulatory enzyme of purine biosynthesis. Science. Jun 1994, 264 (5164): 1427–1433. Bibcode:1994Sci...264.1427S. PMID 8197456. doi:10.1126/science.8197456. 
  10. ^ Overview for MACiE Entry M0214. EMBL-EBI. [2022-09-17]. (原始内容存档于2015-04-02). 
  11. ^ Musick WD. Structural features of the phosphoribosyltransferases and their relationship to the human deficiency disorders of purine and pyrimidine metabolism. CRC Critical Reviews in Biochemistry. 1981, 11 (1): 1–34. PMID 7030616. doi:10.3109/10409238109108698. 
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  14. ^ Chen S, Tomchick DR, Wolle D, Hu P, Smith JL, Switzer RL, Zalkin H. Mechanism of the synergistic end-product regulation of Bacillus subtilis glutamine phosphoribosylpyrophosphate amidotransferase by nucleotides. Biochemistry. Sep 1997, 36 (35): 10718–10726. PMID 9271502. doi:10.1021/bi9711893. 
  15. ^ Zhou G, Smith JL, Zalkin H. Binding of purine nucleotides to two regulatory sites results in synergistic feedback inhibition of glutamine 5-phosphoribosylpyrophosphate amidotransferase. The Journal of Biological Chemistry. Mar 1994, 269 (9): 6784–6789. PMID 8120039. doi:10.1016/S0021-9258(17)37444-6 . 
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